Marc Minkowski studierte Fagott, bevor er sich in sehr jungen Jahren dem Dirigieren zuwandte und die Akademie von Maestro Charles Bruck besuchte. Im Alter von 19 Jahren gründete er das Ensemble Les Musiciens du Louvre, deren künstlerischer Leiter er bis heute ist. Das Ensemble hatte sich zunächst der Erneuerung barocker Aufführungspraxis verschieben, setzte sich bald auch mit dem Schaffen französischer Komponisten auseinander und öffnete sein Repertoire in der Folge auch für Werke Händels, Mozarts, Rossinis, Offenbachs, Bizets und Wagners. 2011 rief er zudem das Festival Ré Majeure ins Leben, war von 2016 bis 2021 Generaldirektor der Opéra national de Bordeaux, von 2013 bis 2017 künstlerischer Leiter der Mozartwoche in Salzburg und von 2018 bis 2022 künstlerischer Berater des Orchesters Ensemble Kanazawa in Japan, mit dem er immer noch regelässig zusammenarbeitet. Im Jahr 2018 wurde er mit dem Orden der französischen Ehrenlegion ausgezeichnet. Als Gastdirigent wird er regelmäßig an alle international bedeutenden Bühnen wie zum Beispiel die Berliner und die Wiener Staatsoper, das Royal Opera House Covent Garden, das Teatro alla Scala in Mailand, das Opernhaus Zürich, die Opéra national de Paris, das Festival von Aix-en-Provence und die Salzburger Festspiele eingeladen. Er arbeitet mit namhaften Orchestern wie den Wiener Philharmonikern und Symphonikern, den Berliner Philharmonikern, dem NDR Elbphilharmonie Orchester, der Staatskapelle Dresden, dem Cleveland Orchestra, dem Los Angeles Philharmonic und dem Tokyo Metropolitan Symphony Orchestra sowie Originalklang-Ensembles wie dem Basler Kammerorchester, Musique of the Baroque in Chicago, und den English Baroque Soloists zusammen. 2025/26 dirigierte Marc Minkowski mehrere Opernproduktionen, darunter Neuproduktionen von Robinson Crusoe am Théâtre des Champs-Elysées in Paris, Giulio Cesare in Egitto am Palau de les Arts Reina Sofía in Valencia und La clemenza di Tito am Opernhaus Zürich. Außerdem kehrte er für Così fan tutte an die Berliner Staatsoper zurück. Mit Les Musiciens des Louvre standen konzertante Aufführungen von Händels Orlando in Paris und in Spanien auf dem Programm. Mit Haydns Die Jahreszeiten kehrte er zum Teatro del Maggio Musicale nach Florenz zurück, gab mit einem Silvester- und Neujahrskonzert sein Debüt bei Boston Baroque und stand für ein Symphoniekonzert am Pult der Königlichen Oper Kopenhagen. Wichtige Opernprojekte der jüngeren Vergangenheit umfassen eine Neuproduktion von Verdis Don Carlo am Grand Théâtre de Genève, Mozarts Mitridate re di ponto, Le nozze di Figaro und Don Giovanni an der Berliner Staatsoper, Haydns Die Schöpfung in Köln sowie eine Europatournee von Les Musiciens du Louvre mit konzertanten Aufführungen von Die Fledermaus. An der Deutschen Oper Berlin gibt Marc Minkowski sein Hausdebüt in der Saison 26/27 mit der szenischen Produktion von Bachs Matthäus-Passion.